وبلاگ

ضمنا در گیا هان خانواده های Umbelliferae و Brassicaceae علائمی مشاهده نگردید.
نتایج حاصل از این بررسی بیانگر دامنه میزبانی وسیع جدایه ایرانی ویروس TAV و تنوع علائم ایجاد شده بر روی گیاهان آزمون می باشد (جدول ۴-۳).
۴-۳- استخراج Total RNA و آزمون RT-PCR
استخراج Total RNA از جدایه های ایرانی TAV با بهره گرفتن از کیت High pure viral nucleic acid kit ساخت شرکت Roche کشور آلمان انجام شد. RNA استخراج شده با آغازگرهای اختصاصی TAV که در جداول ۳-۵، ۳-۶ و ۳-۷ بیان گردیده اند در آزمون RT-PCR به cDNA تبدیل گردیدند. الکتروفورز محصول به دست آمده از PCR با بهره گرفتن از آغازگرهای TAV-F1 و TAV-R9 منجر به تشکیل باند ۶۸۷ جفت بازی مربوط به ژن پروتئین پوششی در مورد دو جدایه ایرانی ویروس TAV مجزا شده از گیاهان اطلسی (Ker.Mah.P) و داوودی (Ker.Ker.Ch.1) درون ژل آگارز ۱% گردید (شکل ۴-۴۸).
الکتروفورز محصول به دست آمده از PCR با استفاده ازسایر آغاز گرهای TAV-F3 وTAV-R5 ، TAV-F6 وTAV-R7، TAV-F36وTAV-R36 مربوط به قطعه RNA-3 و ژن پروتئین حرکتی جدایه Ker.Mah.P مجزا شده از گیاهان اطلسی به ترتیب منجر به تشکیل باند های ۷۵۰، ۴۷۸ و ۳۰۰ جفت بازی گردید (شکل های ۴-۴۹ و ۴-۵۰). همچنین الکتروفورز محصول به دست آمده از PCR با استفاده ازسایر آغاز گرهای TAV-R76 وTAV-F32 ، TAV-R43 و TAV-F10، TAV-R24 وTAV-F35،TAV-R111 وTAV-F50 مربوط به قطعه RNA-2 و ژن های ۲a و ۲b جدایه Ker.Mah.P به ترتیب منجر به تشکیل باند های ۸۶۳، ۱۰۶۰، ۸۹۹ و ۶۰۲ جفت بازی درون ژل آگارز ۱% گردیدند (شکل های ۴-۵۱ و ۴-۵۲). بعلاوه اینکه الکتروفورز محصول به دست آمده از PCR با استفاده ازآغاز گرهای TAV-F30 وTAV-R85، TAV-F37 و TAV-R55، TAV-F70 و TAV-R31، TAV-F93 و TAV-R17 مربوط به قطعه RNA-1 و ژن ۱a جدایه Ker.Mah.P به ترتیب منجر به تشکیل باند های ۱۰۳۳، ۹۳۵، ۶۸۹ و ۱۰۱۰ جفت بازی درون ژل آگارز ۱% گردید (شکل های ۴-۵۳، ۴-۵۴ و ۴-۵۵).
۴-۴- همسانه سازی قطعات تکثیر شده ژنوم جدایه های ایرانی ویروس بی بذری گوجه فرنگی
محصول PCR قطعات مختلف جدایه ایرانی Ker.Mah.P (مجزا شده از گیاه اطلسی) و ژن پروتئین پوششی مربوط به جدایه Ker.Ker.Ch.1 (بدست آمده از گیاه داوودی) جهت تعیین توالی و تعیین جایگاه تاکسونومیکی همسانه سازی گردیدند. بعد از حدود ۲۴ ساعت پس از عمل Transformation پتری دیش های حاوی باکتری کشت داده شده مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج حاصل نشان داد که تعدادی پرگنه آبی و سفید بر روی محیط کشت تشکیل شده است. به منظور انتخاب پرگنه های سفید که حاوی پلاسمید نوترکیب بودند، ابتدا آزمایش PCR بر روی آنها انجام گرفت. نتایج حاصل از آزمایش PCR بر روی تعدادی از پرگنه های سفید منجر به تشکیل باند های مورد نظر گردید. پس از عمل PCR و اطمینان از وجود قطعه مورد نظر در پلاسمید، پرگنه ها کشت داده شده و ۲۰-۱۸ ساعت بعد، پلاسمیدها از باکتری های کشت داده شده استخراج گردیدند. عمل هضم آنزیمی (Digestion) بر روی پلاسمیدها جهت اطمینان از ورود قطعه DNA مورد نظر به درون ناقل با بهره گرفتن از دو آنزیم EcoRI و PstI صورت گرفت. به دلیل اینکه آنزیم های مورد استفاده یک محل برشی در نزدیکی قطعه DNA جاسازی شده در پلاسمید داشتند، لذا بعد از عمل هضم (که حداقل به مدت یک ساعت در دمای ۳۷ درجه سانتی گراد انجام گرفت و زمانی که بر روی ژل آگاروز الکتروفورز گردیدند) قطعه ۲۸۵۰ جفت بازی مربوط به پلاسمید و قطعه مربوط به DNA ی قطعه مورد نظر مشاهده گردید. همچنین به دلیل آنکه آنزیم های برش دهنده حدود ۱۰۰ نوکلئوتید از دو طرف پلاسمید را نیز برش میدهند، لذا قطعه برش داده شده بزرگتر از قطعه DNA تکثیر شده می باشد (شکلهای ۴-۵۶، ۴-۵۷، ۴-۵۸، ۴-۵۹، ۴-۶۰، ۴-۶۱، ۴-۶۲ و ۴-۶۳). قطعات تکثیر شده جهت تعیین ترادف به شرکت ماکروژن کشور در کره جنوبی ارسال گردیدند.
۴-۵- تعیین ترادف طول کامل ژنوم جدایه Ker.Mah.P و تعیین جایگاه تکاملی جدایههای ایرانی ویروس بی بذری گوجه فرنگی
پس از تعیین ترادف، قطعات و ژن های مورد نظر با ترادف های نوکلئوتیدی مشابه مربوط به جدایه های مختلف ویروس TAV گزارش شده در دنیا که در جدول ۴-۴ بیان گردیده اند، توسط نرم افزار DNAMAN Version 4.02 (Lynnon Biosoft. 1994-98) مورد مقایسه و جایگاه تکاملی دو جدایه ایرانی معین گردید. در مورد جدایه ایرانی Ker.Mah.P ویروس TAV (مجزا شده از گیاه اطلسی) نیز با قرار دادن قطعات مختلف تکثیر شده و حذف نواحی هم پوشان ژنوم کامل ویروس به دست آمد و جایگاه ژن ها تعیین گردید (شکلهای ۴-۶۴، ۴-۶۵ و ۴-۶۶).
فصل پنجم
بحث
۵-۱- بحث
ویروس بی بذری گوجه فرنگی (TAV) تاکنون از مناطق مختلف در دنیا و از میزبان های متفاوت گزارش گردیده است. این ویروس یکی از مهمترین ویروس های خسارت زای گیاهان زینتی از جمله گل داوودی در دنیا می باشد (Choi et al., ۲۰۰۱). ویروس TAV برای نخستین بار در ایران از روی گیاهان اطلسی و داوودی (از استان کرمان) شناسایی گردید. از آنجائیکه

(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))

تاکنون هیچ گونه مطالعه ای در کشور در مورد این ویروس صورت نگرفته است، لذا هدف از این تحقیق مطالعه ژنوم ویروس، بررسی خصوصیات مولکولی و مقایسه جدایه های ایرانی ویروس TAV با جدایه های گزارش شده در دنیا می باشد.
اولین مطالعات مولکولی در مورد ژنوم ویروس بی بذری گوجه فرنگی توسط Wilsonو Symons (1981) صورت گرفت و Moriones و همکاران (۱۹۹۱) طول کامل ژنوم جدایه
V-TAV (از کشور استرالیا) را تکثیر و تعیین ترادف نمودند. پس از آن طول کامل دو جدایه KC-TAV و BJ-TAV از کشورهای کره جنوبی و چین (هر دو مجزا شده از گیاه داوودی) نیز تعیین ترادف گردید .(Choi et al., 2001; Raj et al., 2009) جدایه ایرانی Ker.Mah.P مجزا شده از گیاه اطلسی چهارمین جدایه ویروس TAV در دنیا می باشد که طول کامل ژنوم آن تکثیر و مشخصات آن تعیین گردیده است.
این ویروس دارای سه قطعه آر.ان.ای می باشد که قطعه RNA-3 جدایه C-TAV اولین بار به طول ۲۲۱۴ نوکلئوتید تعیین ترادف گردید (O’Reilly et al., 1991). علاوه بر این قطعه، RNA-3 ده جدایه دیگر از این ویروس نیز تکثیر گردیده اند که از آن جمله می توان به جدایه های V-TAV-a، KC-TAV، P-TAV گزارش شده از کشور های استرالیا، کره جنوبی، مجارستان و استرین تیپ ویروسB-TAV)) از کشور انگلستان اشاره نمود(Raj et al., 2009). در این تحقیق به منظور تکثیر قطعه RNA-3 جدایه ایرانی ویروس TAV، تعداد ۵ جفت آغازگر بر مبنای توالی جدایه KC-TAV طراحی گردید (جدول ۳-۷). پس از تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف قطعات مورد نظر، نواحی هم پوشان حذف و طول کامل قطعه RNA-3 معادل ۲۱۹۲ نوکلئوتید بدست آمد (شکل ۴-۶۴). بر اساس نتایج به دست آمده قطعه ی RNA-3 جدایه ایرانی ویروس TAV متشکل از ORF های ۳a و ۳b می باشد که به ترتیب پروتئین حرکتی و پروتئین پوششی را کد می نماید (شکل ۴-۶۴). این قطعه (RNA-3) ویروس TAV دارای یک توالی به طول تقریبی ۱۶۰ نوکلئوتید در انتهای ۳’UTR می باشد که در برخی از جدایه های گزارش شده در دنیا دو تکرار پشت سر هم از این توالی موجود بوده، در حالیکه در برخی دیگر از جدایه های گزارش شده در دنیا تنها یک تکرار از این توالی موجود می باشد (Shi et al., 1997). پس از تعیین ترادف طول کامل قطعه RNA-3 جدایه Ker.Mah.P مشخص گردید که این جدایه تنها حاوی یک تکرار از این قطعه می باشد، بهنحویکه تکرار دیگر همانند جدایه های KC-TAV، P-TAV، C-TAV، B-TAV و BJ-TAV گزارش شده از کشور های کره جنوبی، مجارستان، انگلستان و چین از انتهای ۳’UTR قطعه ی RNA-3 حذف گردیده است (شکل ۵-۱).
قطعه RNA-3 ویروس TAV حاوی ژن های پروتئین پوششی و پروتئین حرکتی میباشد (Choi et al., 2001). در مورد جدایه ایرانی Ker.Mah.P طول ژن پروتئین پوششی (شبیه دیگر جدایه های گزارش شده) مشتمل بر ۶۵۷ نوکلئوتید می باشد. همچنین طول ژن پروتئین حرکتی اِین جدایه ۸۴۴ نوکلئوتید تعیین گردید. این ژن در جداِیه Ker.Mah.P شبیه اکثر جدایه های گزارش شده در دنیا حاوی یک نوکلئوتید سیتوزین حفاظت شده بوده که در حرکت و بیان علائم ویروس TAV تاثیرگذار می باشد(شکل ۵-۲). در برخی جدایه های گزارش شده در دنیا جایگزینی نوکئوتید آدنین به جای سیتوزین منجر به تشکیل رمز پایان TAA شده و سبب کاهش حرکت و بیان علائم ویروس TAV می گردد (Moreno et al., ۱۹۹۷). این جایگزینی در مورد جدایه های V-TAV-s و Dha-TAV از کشور های اسپانیا و هند گزارش گردیده است (شکل ۵-۲). دو انتهای ΄۵، ΄۳ و قسمت میانی قطعه RNA-3 جدایه Ker.Mah.P نیز حاوی سه ناحیه حفاظت شدهی دیگر می باشند. انتهای ۵’UTR قطعه RNA-3 اِین جدایه شبیه تمام گونه های جنس کوکوموویروس حاوی توالی حفاظت شده ی UG tract بوده که جهت تجمع قطعه RNA-3 ضروری می باشد (شکل ۵-۳) .(Choi et al., 2001) همچنین ناحیه بین ژنی (Intergenic Region) قطعه ی RNA-3 جدایه Ker.Mah.P (همانند دیگر جدایه های گزارش شده این ویروس ) به طول ۲۹۵ نوکلئوتید می باشد. این ناحیه در حد فاصل بین دو ژن پروتئین حرکتی و پروتئین پوششی قرار دارد و حاوی ناحیه کنترل داخلی (ICR) بوده که جهت سنتز RNA های زیر ژنومی مورد نیاز می باشد (شکل ۵-۴) (Boccard & Baulcombe, 1993). در انتهای ۳’UTR تمامی آر.ان.ای های موجود در گونه های جنس کوکوموویروس یک توالی حفاظت شده به طول ۴۰ نوکلئوتید وجود دارد که در مورد جدایه ایرانی Ker.Mah.P موقعیت آن در قطعه RAN-3 تعیین گردیده است (شکل ۵-۵) (Hu et al., 1997).
در مورد ژن پروتئین پوششی ویروس TAV توالی نوکلئوتیدی ۳۹ جدایه گزارش شده در دنیا در بانک ژن موجود است. نتایج به دست آمده از تجزیه فیلوژنتیکی این جدایه ها و جدایه های ایرانی ویروس TAV(شکل ۵-۶) بیانگر آن است که تنها جدایه TAV-UT گزارش شده از کشور هند با Bootstrap 88% از دیگر جدایه های موجود در دنیا مجزا گردیده و دیگر جدایه ها به دو گروه اصلی I و II تقسیم می گردند. گروه I شامل ۶ جدایه PU-TAV، TAV-HP، TAV-TN، TAV-AP، TAV-ArP و TAV-Asm (گزارش شده از کشور هند) می باشد که همگی از گیاه داوودی مجزا گردیده اند. بر این اساس دیگر جدایه های گزارش شده از دنیا در گروه II واقع گردیدهاند. این گروه نیز خود به دو زیر گروه IIAو IIB تقسیم می گردد که جدایه های ایرانی ویروس TAV در زیر گروهIIA قرار می گیرند. سه جدایه TAV-GU، TAV-MP و TAV-BR گزارش شده از کشور هند نیز با Bootstrap 67% از زیر گروه II مجزا گردیده و در زیر گروه IIB قرار می گیرند. همچنین چندین جدایه گزارش شده از کشور هند که همگی از گیاه داوودی مجزا گردیده اند نیز در این زیر گروه قرار میگیرند. براساس مقایسه درصد تشابه ترادف نوکلئوتیدی ژن CP، در بین جدایه های ایرانی و جدایه های گزارش شده از کشورهای مختلف دنیا، کمترین میزان تشابه بین جدایه ایرانی Ker.Ker.Ch.1، مجزا شده از گیاه داوودی و جدایه TAV-UT گزارش شده از کشور هند ( مجزا شده از گیاه داوودی) به میزان ۵/۹۱ درصد می باشد. بیشترین در صد تشابه بین جدایه ایرانی Ker.Mah.P مجزا شده از گیاه اطلسی و جدایه های B-TAV، V-TAV-S، P-TAV، BJ-TAV و V-TAV-A به ترتیب گزارش شده از کشورهای انگلستان، اسپانیا، مجارستان، چین و استرالیا می باشد (شکل ۵-۷). همچنین بر اساس درصد تشابه اسید های آمینه ژن CP، جدایه های ایرانی ویروس TAV کمترین درصد تشابه را با جدایه TAV-UT گزارش شده از کشور هند به میزان ۶/۸۷ و بیشترین درصد تشابه را با جدایه های KC-TAV، V-TAV-A و ۱-TAV به ترتیب گزارش شده از کشورهای کره جنوبی، استرالیا و آمریکا و سه جدایه NBRI-TAV، TAV-Be و TAV-Kol گزارش شده از کشور هند به میزان ۵/۹۹ دارا می باشد (شکل ۵-۸).
ژن پروتئین پوششی جدایه های ویروس TAV نقش تعیینکنندهای در انتقال ویروس توسط حشرات، بیان علائم و بیماریزایی ویروس دارد. بر این اساس به عنوان مهمترین پروتئین ویروسی جهت تعیین جایگاه تاکسونومیکی مورد توجه می باشد (Raj et al., 2009; Chen & Francki, 1990). بعلاوه اینکه همولوژی بالای ترادف نوکلئوتیدی و اسید های آمینه ژن پروتئین پوششی جدایه های ویروس TAV (به میزان بیش از ۹۹ درصد) می تواند به دلیل حفظ نقش ساختاری و عملکردی اش همانند ژن پروتئین پوششی ویروس CMV باشد (Raj et al., 2009; Wikoff et al., 1997).
بر اساس تجزیه فیلوژنتیکی ترادف های نوکلئوتیدی ژن پروتئین حرکتی ویروس TAVبه جز (شکل۵-۹) استرین C-TAV (گزارش شده از کشور انگلستان) همگی جدایه ها شامل جدایه های ۱-TAV، KC-TAV، V-TAV-A، V-TAV-S، B-TAV، BJ-TAV و P-TAV به ترتیب گزارش شده از کشور های آمریکا، کره جنوبی، استرالیا، اسپانیا، انگلستان، چین و مجارستان به همراه جدایه ایرانی Ker.Mah.P مجزا شده از گیاه اطلسی در یک گروه قرار می گیرند. همچنین اِین جداِیه دارای بیشترین درصد تشابه ترادف نوکلئوتیدی ژن پروتئین حرکتی با جدایه V-TAV-A به میزان ۳/۹۹ و بیشترین درصد تشابه ترادف اسید های آمینه با استرین های KC-TAV، V-TAV-A و V-TAV-S (گزارش شده از کشورهای کره جنوبی، استرالیا و اسپانیا) به میزان ۶/۹۹ می باشد (شکل های ۵-۱۰ و ۵-۱۱).
دندروگرام رسم شده بر اساس ترادف طول کامل قطعه RNA-3 جدایه های گزارش شده ویروس TAV در دنیا و جدایه ایرانی Ker.Mah.P نیز مشابه دندروگرام رسم شده بر اساس ترادف ژن پروتئین حرکتی ویروس TAVمی باشد. در این مورد نیز جدایه C-TAV گزارش شده از کشور انگلستان از دیگر جدایه ها ی موجود مجزا می گردد و تمامی جدایه های دیگر به همراه جدایه ایرانی ویروس TAV در یک گروه قرار می گیرند (شکل ۵-۱۲). در مقایسه ترادف های نوکلئوتیدی و اسید های آمینه طول کامل قطعه RNA-3 استرین V-TAV-A (گزارش شده از کشور استرالیا) و ۱-TAV (گزارش شده از کشور آمریکا) به ترتیب با ۶/۹۹ و ۳/۹۸ درصد دارای بیشترین میزان تشابه در مقایسه با جدایه Ker.Mah.P می باشند (شکل ۵-۱۳ و ۵-۱۴).
تا کنون طول کامل قطعه ی RNA-2 سه جدایه از ویروس TAV شامل جدایه های V-TAV-a، KC-TAV (گزارش شده از کشورهای استرالیا و کره جنوبی) هر دو به طول ۳۰۷۴ نوکلئوتید و جدایه BJ-TAV (گزارش شده از کشور چین) به طول ۳۰۲۳ نوکلئوتید تعیین توالی گردیدهاند(Choi et al., 2001; Raj et al., 2009) . در مورد جدایه ایرانی Ker.Mah.P پس از تعیین توالی قطعه RNA-2، تعداد نوکلئوتیدهای آن به تعداد ۳۰۰۸ نوکلئوتید به دست آمد (شکل ۴-۶۵). قطعه ی RNA-2 ویروس TAV متشکل ازORF های ۲b و ۲a می باشد که به ترتیب پروتئین های ۲b و ۲a را کد می نمایند (Ding et al., 1996). پس از تعیین ترادف طول کامل قطعه ی RNA-2 جدایه Ker.Mah.P جایگاه ORF 2a و ORF 2b به تر تیب به طول ۲۴۸۶ و ۲۸۸ نوکلئوتید مشخص گردیدند. پروتئین ۲a به عنوان یک RdRp عمل نموده که در همانند سازی ویروس نقش دارد. جدایه ایرانی Ker.Mah.P نیز شبیه سه جدایه دیگر این ویروس حاوی ۸ ناحیه ی حفاظت شده RdRp بوده که از قسمت مرکزی ژن ۲a ترجمه می گردند (شکل ۵-۱۵) (Choi et al., 2001). همچنین پروتئین ۲b جدایه ایرانی ویروس TAV دارای ۹۵ اسید آمینه بوده که حاوی نواحی حفاظت شده ای مشابه دیگر گونه های جنس کوکوموویروس می باشد (شکل ۵-۱۶). توالی به شدت حفاظت شده انتهای ΄۳ قطعه ی RNA-2 جدایه ایرانی Ker.Mah.P نیز همانند سایر جدایه های گزارش شده در دنیا حاوی ۴۰ نوکلئوتید بوده که در شکل ۵-۱۷ مشخص گردیده اند.
دندروگرام رسم شده از تجزیه فیلوژنتیکی توالی ژن ۲a بیانگر آن است که جدایه ایرانی Ker.Mah.P (مجزا شده از گیاه اطلسی) با Bootstrap 100% از دیگر جدایه های گزارش شده در دنیا مجزا می گردد. سه جدایه دیگر شامل استرین های KC-TAV، V-TAV-A و BJ-TAV گزارش شده از کشورهای کره جنوبی، استرالیا و چین در یک گروه قرار می گیرند (شکل ۵-۱۸). براساس مقایسه درصد تشابه ترادف نوکلئوتیدی ژن ۲a، جدایه های BJ-TAV و KC-TAV با ۱/۹۶ و ۷/۹۶ درصد به ترتیب دارای کمترین و بیشترین میزان تشابه نوکلئوتیدی در مقایسه با جدایه Ker.Mah.P می باشند (شکل ۵-۱۹). همچنین جدایه BJ-TAV با ۷/۹۳ درصد و استرین های KC-TAV و V-TAV-A با ۶/۹۴ درصد به ترتیب دارای کمترین و بیشترین میزان تشابه ترادف اسید های آمینه ژن ۲a در مقایسه با جدایه Ker.Mah.P می باشند(شکل ۵-۲۰).
در مورد ژن ۲b توالی چهار جدایه در بانک ژن ثبت گردیده است و بر اساس نتایج به دست آمده از تجزیه فیلوژنتیکی توالی ژن ۲b، جدایه BJ-TAV (گزارش شده از کشور چین) با Bootstrap 78% از دیگر جدایه های گزارش شده در دنیا مجزا می گردد. (شکل ۵-۲۱). ژن ۲b ویروس TAV کمترین میزان همولوژی را در بین ژنهای این ویروس دارا می باشد (Ding et al., 1996) که این موضوع در مورد توالی ژن ۲b جدایه ایرانی Ker.Mah.P نیز صادق است. بهنحویکه بیشترین میزان تشابه ترادف نوکلئوتیدی و اسید های آمینه اِین جدایه با جدایه های KC-TAV و V-TAV-A به ترتیب به میزان ۴/۹۴ و ۶/۹۲ می باشد. استرین BJ-TAV کمترین میزان تشابه ترادف نوکلئوتیدی و اسید های آمینه ژن ۲b را به ترتیب به میزان ۳/۸۹ و ۶/۷۶ درصد با جدایه ایرانی Ker.Mah.P دارد (شکل ۵-۲۲ و ۵-۲۳). دندروگرام رسم شده بر اساس ترادف طول کامل قطعه RNA-2 جدایه های گزارش شده ویروس TAV در دنیا و جدایه ایرانی Ker.Mah.P مشابه دندروگرام رسم شده بر اساس ترادف ژن ۲a ویروس TAVمی باشد و جدایه Ker.Mah.P با Bootstrap 99% از دیگر جدایه های گزارش شده در دنیا مجزا می گردد و سه جدایه دیگر شامل استرین های KC-TAV، V-TAV-A و BJ-TAV گزارش شده از کشورهای کره جنوبی، استرالیا و چین در یک گروه قرار می گیرند (شکل ۵-۲۴). در مورد میزان مشابهت ترادف نوکلئوتیدی قطعه RNA-2 جدایه KC-TAV با ۶/۹۶ و استرین BJ-TAV با ۷/۹۵ درصد به ترتیب بیشترین وکمترین میزان تشابه در مقایسه با جدایه ایرانی Ker.Mah.P می باشند (شکل ۵-۲۵). همچنین جدایه BJ-TAV با ۵/۹۴ و جدایه های KC-TAV و V-TAV-A با ۸/۹۴ درصد کمترین وبیشترین میزان تشابه ترادف اسید های آمینه را با جدایه ایرانی Ker.Mah.P دارا می باشند (شکل ۵-۲۶).
قطعه ی RNA-1 ویروس TAV حاوی ۳۴۱۲ نوکلئوتید، تنها حاوی ORF 1a به طول ۲۹۸۴ نوکلئوتید می باشد و پروتئین ۱a را کد می نماید(Choi et al., 2001) . طول قطعه ی RNA-1 جدای